アプリ開発や業務システムの導入には多額のコストがかかりますが、国や地方自治体が提供する補助金や助成金を活用することで、その負担を大幅に軽減できる可能性があります。
この記事では、2025年最新の情報を基に、アプリ開発やシステム導入に利用可能な主要な補助金・助成金制度を詳しく解説します。それぞれの制度の特徴や対象者、申請における注意点などを理解し、自社の事業成長に向けた資金調達の一助としてください。

目次

アプリ開発で補助金は使える？まずは基本を押さえよう
補助金と助成金はどう違う？基本的な仕組みを解説
【2025年版】アプリ開発に活用できる主要な補助金4選
1. 革新的なサービス開発に「ものづくり補助金」
2. 業務効率化やDX推進に「IT導入補助金」
3. 新規事業としてのアプリ開発なら「事業再構築補助金」
4. 小規模な開発や販路開拓に「小規模事業者持続化補助金」
【一覧表】自社に合うのはどれ？アプリ開発に使える補助金を比較
補助金申請で失敗しないための3つの注意点
注意点1：補助金の支払いは事業実施後の後払いが原則
注意点2：対象経費として認められるのは事業期間内の支出のみ
注意点3：申請には事業計画書など多くの書類準備が必要
複雑な補助金申請を専門家に依頼する選択肢
専門家に申請代行を依頼するメリット
専門家に申請代行を依頼するデメリット
信頼できる申請代行パートナーの選び方
まとめ

アプリ開発で補助金は使える？まずは基本を押さえよう

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アプリ開発は補助金の対象として認められるケースが多くあります。これは開発されるアプリがソフトウェアとして扱われ企業の生産性向上や競争力強化に資する設備投資の一環と見なされるためです。
特に業務効率化を目的としたシステム開発や新たなサービス提供によるDX推進といった文脈では多くの補助金制度の趣旨と合致しやすい傾向にあります。自社の開発目的がどの補助金の要件に適合するかを見極めることが重要です。

補助金と助成金はどう違う？基本的な仕組みを解説

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補助金と助成金は、どちらも国や地方自治体から支給される返済不要の資金ですが、その性質には違いがあります。
補助金は、主に経済産業省系の制度が多く、予算や採択件数に上限が設けられているため、申請しても必ず採択されるとは限りません。
事業計画の内容を審査され、より優れた計画が選ばれる競争的な性質を持っています。
一方、助成金は厚生労働省系の制度が中心で、定められた要件を満たせば原則として受給可能です。
雇用促進や労働環境の改善などが主な目的となります。返済義務がある融資や、特定の条件下で一律に配られる給付金とも異なるため、それぞれの仕組みを正しく理解しておくことが大切です。

【2025年版】アプリ開発に活用できる主要な補助金4選

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アプリ開発の目的や事業規模に応じて活用できる補助金は多岐にわたります。
ここでは、2025年時点において、中小企業や小規模事業者が利用を検討すべき代表的な4つの補助金を紹介します。具体的には、革新的なサービス開発を目指す「ものづくり補助金」、業務効率化が目的の「IT導入補助金」、新規事業に挑戦するための「中小企業新事業進出補助金」、そして小規模な販路開拓に適した「小規模事業者持続化補助金」です。
事業再構築補助金は、2025年3月で最終回となる予定であり、その役割は「中小企業新事業進出補助金」に引き継がれています。この「中小企業新事業進出補助金」は、既存事業とは異なる新たな分野への挑戦を支援するもので、新市場進出や高付加価値事業への参入を促進することを目的としています。ものづくり補助金は、新製品や新サービスの開発、IT導入補助金はITツールの導入による業務効率化、小規模事業者持続化補助金は小規模事業者の販路開拓などを支援します。
それぞれの特徴を比較し、自社のプロジェクトに最適な制度を見つけましょう

1. 革新的なサービス開発に「ものづくり補助金」

「ものづくり補助金」は、正式名称を「ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金」といい、中小企業等が行う革新的な製品・サービスの新規開発や生産プロセスの改善を支援する制度です。
アプリ開発においては、単なる既存ツールの導入ではなく、顧客に新たな体験価値を提供するような革新性の高いサービスの新規開発が対象となります。
例えば、AIやIoTといった先端技術を活用したアプリや、これまでになかったビジネスモデルを実現するプラットフォーム開発などが該当します。企業の生産性を向上させ、持続的な成長を促すための設備投資やシステム構築費用が補助対象経費となります。

・ものづくり補助金の対象となる事業者と申請条件
ものづくり補助金の対象は、日本国内に本社を有する中小企業者等です。業種ごとに定められた資本金または常時使用する従業員数の要件を満たす必要があります。
基本的な申請要件として、補助事業期間内に「事業者全体の付加価値額を年率平均3%以上増加」「給与支給総額を年率平均1.5%以上増加」「事業場内最低賃金を地域別最低賃金より30円以上高い水準にする」という3つの目標を達成する事業計画を策定し、実行することが求められます。
これらの要件は申請する枠によって内容が異なるため、公募要領を詳細に確認し、自社の状況と照らし合わせながら計画を立てなければなりません。

・ものづくり補助金の補助上限額と補助率
ものづくり補助金の補助上限額と補助率は、申請する枠や従業員の規模によって変動します。
例えば、省力化（オーダーメイド）枠では最大8,000万円、製品・サービス高付加価値化枠では最大2,500万円といったように、枠ごとに上限額が大きく異なります。
補助率は、通常は費用の1/2ですが、小規模事業者や再生事業者、または大幅な賃上げを行う事業者に対しては2/3に引き上げられる特例措置が設けられています。
自社の事業計画の規模や内容に応じて、どの枠に申請するのが最も有利かを検討し、最新の公募要領で正確な金額と補助率を確認することが不可欠です。

2. 業務効率化やDX推進に「IT導入補助金」

IT導入補助金は、中小企業・小規模事業者が自社の課題やニーズに合ったITツールを導入する経費の一部を補助することで、業務効率化や売上アップをサポートする制度です。この補助金は、あらかじめ事務局に登録されたIT導入支援事業者が提供するツール・サービスでなければ対象になりません。そのため、申請者はIT導入支援事業者と連携して事業計画を策定し、手続きを進める必要があります。
なお、IT導入補助金は年度によって申請条件や補助上限、対象経費が異なるため、最新の公募要領を確認することが重要です。2025年度のIT導入補助金については、2025年2月28日に公募要領が公開されていますが、アプリ開発が直接的な補助対象となるかについては、個別のITツールが登録されているかを確認する必要があります。情報発信のみを目的としたWebサイト制作やWebアプリ、スマートフォンアプリ制作、VR・AR用コンテンツ制作などは、IT導入補助金の対象とならない場合があります。
一方で、特定の業務効率化を目的としたソフトウェアやクラウドサービスの導入は対象となる可能性があります。アプリ開発に活用できる可能性のある他の補助金としては、ものづくり補助金、事業再構築補助金、小規模事業者持続化補助金などがあります。

・IT導入補助金の対象事業者と申請の条件
IT導入補助金の対象は、飲食、宿泊、卸・小売、運輸、医療、介護、保育といった幅広い業種の中小企業・小規模事業者です。申請の条件として、IT導入支援事業者と共同で事業計画を策定し、申請手続きを行うことが定められています。自社単独での申請はできません。
また、セキュリティ対策の実施も要件の一つであり、独立行政法人情報処理推進機構（IPA）が公表する「SECURITYACTION」の「一つ星」または「二つ星」いずれかの宣言を行う必要があります。この宣言は、自社の情報セキュリティ対策への取り組みを自己宣言するもので、オンラインで手続きが可能です。

・IT導入補助金で支給される補助額と補助率
IT導入補助金で支給される補助額と補助率は、導入するITツールの目的や機能に応じて設定された複数の申請枠によって異なります。
例えば、基本的な業務効率化ツールを導入する「通常枠」では、補助率1/2以内で最大150万円未満の補助が受けられます。
一方、インボイス制度に対応した会計ソフトや決済ソフトなどを導入する「インボイス枠」では、より手厚い補助が設定されており、補助率が3/4や4/5となるケースもあります。
他にも、サイバー攻撃のリスク低減を目的とした「サイバーセキュリティ対策推進枠」などがあり、自社の課題解決に最も適した枠を選ぶことが重要です。

・【2025年】IT導入補助金の変更点と注意点
IT導入補助金は、社会情勢や政策の方向性に応じて毎年制度内容が見直されます。2025年の制度においては、2024年までの流れを引き継ぎ、インボイス制度への対応やサイバーセキュリティ対策の強化が引き続き重視される見込みです。
また、複数の中小企業が連携してITツールを導入する際の支援が拡充される可能性も考えられます。
注意点として、IT導入補助金は公募期間が比較的短く、予算上限に達し次第、予告なく終了する場合があるため、常に最新の情報を公式サイトで確認し、早めに準備を進めることが肝要です。
対象となるITツールも登録制であるため、導入したいツールが補助金の対象となっているか事前に確認が必要です。

3. 新規事業としてのアプリ開発なら「事業再構築補助金」

事業再構築補助金は、新型コロナウイルス感染症の影響で売上が減少した中小企業等が、新分野展開、業態転換、事業・業種転換といった思い切った事業再構築に挑戦するのを支援する制度です。
アプリ開発においては、既存事業の延長線上にある単なる業務効率化ではなく、全く新しい市場への参入や、新たな収益の柱となる新規事業としてアプリを開発する場合に活用できます。
例えば、製造業の企業が、自社のノウハウを活かした業界特化型のマッチングアプリを開発し、新たなサービス事業に進出するようなケースが対象となり得ます。補助規模が大きく、大規模な投資を伴うプロジェクトに適しています。

・事業再構築補助金の対象者と主な申請要件
事業再構築補助金の対象者は、原則として、売上が減少している中小企業等であり、認定経営革新等支援機関（金融機関、税理士、コンサルタントなど）と共に具体的な事業計画を策定する必要があります。
主な申請要件として、コロナ禍以前と比較して売上が一定割合以上減少していることを示す「売上高減少要件」と、事業再構築指針に示された「事業再構築」の定義に該当する取り組みであることが求められます。
さらに、策定した事業計画において、補助事業終了後3～5年で付加価値額を年率平均で一定割合以上増加させるなどの数値目標を達成することが必要です。

・事業再構築補助金の補助上限額と補助率の詳細
事業再構築補助金の補助上限額と補助率は、申請する枠や企業の従業員規模によって大きく異なります。
例えば、事業規模の拡大を目指す「成長枠」では従業員規模に応じて2,000万円から最大7,000万円、グリーン分野での取り組みを支援する「グリーン成長枠」では最大1億円（中小企業の場合）といったように、高額な補助が設定されています。補助率は、中小企業の場合は原則1/2ですが、大規模な賃上げを行う場合は2/3に引き上げられるなど、政策的に重要な取り組みに対しては優遇措置が講じられています。
高額な補助が期待できる分、事業計画の具体性や実現可能性、収益性などが厳しく審査されます。

4. 小規模な開発や販路開拓に「小規模事業者持続化補助金」

小規模事業者持続化補助金は、従業員数の少ない小規模事業者が、地域の商工会または商工会議所の助言を受けながら経営計画を作成し、それに基づいて行う販路開拓や生産性向上の取り組みを支援する制度です。
アプリ開発においては、EC機能を持つアプリを制作して新たな販売チャネルを確保したり、店舗の予約システムをアプリ化して顧客の利便性を高めたりするなど、直接的な販路開拓や売上向上に繋がる小規模な開発が対象となります。
他の補助金に比べて補助上限額は低いものの、比較的活用しやすく、初めて補助金申請に挑戦する事業者にも適しています。

・小規模事業者持続化補助金の対象者と申請するための条件
小規模事業者持続化補助金の対象者は、常時使用する従業員数が商業・サービス業（宿泊業・娯楽業を除く）では5人以下、それ以外の業種（製造業など）では20人以下の法人、個人事業主、特定非営利活動法人です。
申請するための条件として、自社の所在地を管轄する商工会または商工会議所に相談し、経営計画の策定支援を受ける必要があります。その上で、「事業支援計画書」の交付を受け、申請書類と共に提出することが必須です。
地域の支援機関と連携し、自社の強みや課題を分析しながら、持続的な経営に向けた計画を立てるプロセスが重要視されます。

・小規模事業者持続化補助金の上限額と補助率
小規模事業者持続化補助金の補助上限額は、申請する枠によって異なります。通常枠の場合は50万円ですが、賃金引上げや事業承継、創業など、特定のテーマに取り組む事業者が対象となる特別枠では、上限額が最大250万円まで引き上げられます。補助率は、原則として対象経費の2/3以内です。
また、インボイス発行事業者として登録した事業者に対しては、全ての枠で補助上限額が一律50万円上乗せされる「インボイス特例」が設けられています。
対象となる経費は、ウェブサイト関連費、広報費、開発費、展示会等出展費など、販路開拓に要する費用が幅広く認められています。

【一覧表】自社に合うのはどれ？アプリ開発に使える補助金を比較

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ここまで紹介した4つの主要な補助金を効果的に活用するためには、自社の状況と照らし合わせて比較検討することが不可欠です。革新的なサービス開発で大規模な投資を伴うなら「ものづくり補助金」や「事業再構築補助金」が候補となります。
一方、既存業務の効率化のためにITツールを導入するなら「IT導入補助金」、小規模な販路開拓が目的なら「小規模事業者持続化補助金」が適しています。
補助上限額、補助率、対象となる事業者規模、求められる事業内容などを一覧で比較し、最適な制度を選択してください。

補助金申請で失敗しないための3つの注意点

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補助金は魅力的な制度ですが、申請から受給までのプロセスは複雑で、いくつかの重要な注意点が存在します。これらのポイントを見落とすと、採択されなかったり、採択後も補助金を受け取れなかったりする事態に陥りかねません。
ここでは、特に重要な3つの注意点として、後払いの原則、対象経費の期間、そして書類準備の重要性について解説します。これらの基本を確実に押さえ、計画的に申請準備を進めることが成功の鍵となります。

注意点1：補助金の支払いは事業実施後の後払いが原則

補助金は、事業の実施前に資金が振り込まれるのではなく、原則として事業が完了した後の後払い（精算払い）で支払われます。
具体的には、まず申請した事業計画が採択され、交付が決定された後、事業者は自己資金や金融機関からの融資などで開発費用などを全額立て替えて支払います。
その後、計画通りに事業を完了させたことを証明する実績報告書と経費の支払いを証明する証拠書類を提出し、事務局の検査を経て、初めて補助金が交付される流れです。
そのため、採択が決まってもすぐに資金が得られるわけではなく、事業期間中の資金繰りを事前に計画しておく必要があります。

注意点2：対象経費として認められるのは事業期間内の支出のみ

補助金の対象として認められる経費は、交付決定日から補助事業完了日までの「補助事業実施期間内」に発注、契約、納品、支払いといった全ての手続きが完了したものに限られます。交付決定の通知を受け取る前に開発会社と契約を締結したり、費用を支払ったりした場合、その経費は原則として補助対象外となります。
いわゆる「フライング」は認められないため、スケジュール管理には細心の注意が必要です。
採択されることを見越して先走って事業を開始すると、補助金を受け取れなくなるリスクがあります。全ての取引の日付が期間内に収まっていることを証明する書類の保管も不可欠です。

注意点3：申請には事業計画書など多くの書類準備が必要

補助金の申請において、事業計画書は採択を左右する最も重要な書類です。事業の目的、革新性、市場での優位性、費用対効果、そして事業がもたらす社会的な意義などを、審査員に対して客観的かつ論理的に説明しなくてはなりません。説得力のある事業計画書を作成するには、十分な分析と準備期間が求められます。
この他にも、会社の登記事項証明書、決算報告書、従業員数を示す書類、経費の見積書など、提出を求められる書類は多岐にわたります。
これらの書類に不備があると審査の対象外となる場合もあるため、公募要領を熟読し、計画的に準備を進めることが採択への第一歩です。

複雑な補助金申請を専門家に依頼する選択肢

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補助金の申請は、公募要領の読解から事業計画書の作成、膨大な証拠書類の準備まで、非常に専門的で煩雑な手続きを伴います。本業で多忙な経営者や担当者がこれらの作業をすべて自力で行うのは大きな負担となり得ます。
そこで有効な選択肢となるのが、行政書士や中小企業診断士、専門のコンサルタントといった補助金申請の専門家にサポートを依頼することです。専門家の知見を活用することで、採択の可能性を高め、申請にかかる負担を軽減できます。

専門家に申請代行を依頼するメリット

専門家に申請代行を依頼する最大のメリットは、採択率の向上が期待できる点です。専門家は各補助金の審査基準や加点項目を熟知しており、事業の魅力を最大限に引き出す事業計画書を作成するノウハウを持っています。
また、複雑な申請手続きや膨大な書類作成にかかる時間と労力を大幅に削減できるため、事業者は本来の業務に集中できます。
さらに、自社に最適な補助金の選定や、公募期間のスケジュール管理、採択後の実績報告まで一貫したサポートを受けられることも大きな利点です。申請ミスによる不採択のリスクを低減し、スムーズな手続きを実現します。

専門家に申請代行を依頼するデメリット

専門家に申請代行を依頼する場合、費用が発生します。報酬体系は「着手金」と「成功報酬」で構成されるのが一般的で、成功報酬は採択された補助金額の5%から15%程度が相場とされています。ただし、一部の補助金や代行業者によっては、10%から20%程度が設定されている場合もあります。
補助金の入金前にこの費用を支払う必要があるため、資金計画に組み込んでおかなければなりません。また、専門家に任せきりにしてしまうと、事業計画を深く練り上げるプロセスが他人任せになり、自社の将来像を描く貴重な機会を失う可能性もあります。さらに、社内に補助金申請に関する知識や経験が蓄積されにくいという側面も考慮すべき点です。

信頼できる申請代行パートナーの選び方

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信頼できる申請代行パートナーを選ぶには、いくつかのポイントがあります。まず、自社が申請したい補助金や、同業種の支援において豊富な採択実績があるかを確認することが重要です。過去の実績は専門性の高さを測る一つの指標となります。
次に、料金体系が明確であるかを確認しましょう。着手金や成功報酬の具体的な金額、算出方法、支払いタイミング、そして追加費用の有無などを事前に書面で確認することがトラブル回避につながります。
無料相談などを活用して、担当者の専門知識や対応の丁寧さ、自社の事業内容への理解度を見極め、信頼関係を築ける相手かどうかを判断することも大切です。

まとめ

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アプリ開発やシステム導入には、ものづくり補助金、IT導入補助金、事業再構築補助金など、事業の目的や規模に応じて多様な補助金が活用できます。自社のプロジェクト内容に最も合致する制度を選択することが重要です。
ただし、補助金の支払いは原則後払いであり、事業期間中の資金繰り計画が不可欠です。
また、採択されるためには説得力のある事業計画書の作成など、周到な準備が求められます。
手続きが複雑で負担が大きい場合は、専門家のサポートを受けることも有効な手段の一つです。

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